Moquegua goza de asentamientos preincas e incas, aún en proceso de estudio. Los primeros pobladores se asentaron alrededor de los 12000 años. El primer grupo sedentario (los huaracanes) apareció en el 1000 a.C. Alrededor del 500 d.C. ocuparon el valle los Tiwanaku y los Wari, luego de su colapso surgieron dos grupos locales: los chiribayas (950-1350 d.C.) y los estuquiñas o cuchunas (1000-1475 d.C.). Este último fue integrado al Tawantinsuyo.

Los Geoglifos de Chen Chen

Se encuentran a unos 10 min. al sureste de la ciudad, tomando la ruta a Toquepala, a unos 1500 m.s.n.m. El grupo de representaciones más interesante se emplaza en el centro de una cadena de colinas situados en Chen Chen. Son representaciones zoomorfas (auquénidos), fitomorfas y antropomorfas, fueron construidas en las laderas de cerros por la cultura Tiwanaku quienes emplearon dos técnicas: retirando la capa superficial del terreno o bien, adicionando piedras con diferente tonalidad al suelo, a manera de mosaico.

Se emplaza en el interior de lo que fue la antigua iglesia Matriz de Moquegua, en la plaza de armas de la ciudad. El museo exhibe piezas que datan desde los 12,000 años a.C. Las muestras permanentes constan de cerámicos, fardos funerarios, joyería, restos humanos y animales, tejidos, vestimentas y otros restos prehispánicos.